بعد إشاعة تلك التهمة بين الإسرائيليّين خاف من بطشهم وشرورهم ، فانتقل إلى بستان ودخل في شجرة واختفى فيها ، فعلم أشرار قومه بمخبئه ، وجاءوا إليه وقطعوا الشجرة إلى نصفين وهو بداخلها ، فانقسم إلى شطرين ومات شهيدا في سبيل اللّه . دفن في بيت المقدس ، وله فيه مرقد يزار . وكان عمره يوم شهادته 99 سنة ، وقيل : 100 سنة ، وقيل أكثر من ذلك ، ويقال : إنّه مات موتا طبيعيا . القرآن العظيم وزكريا عليه السّلام شملته الآية 61 من سورة البقرة : وَيَقْتُلُونَ النَّبِيِّينَ . . . . والآية 87 من نفس السورة : فَفَرِيقاً كَذَّبْتُمْ وَفَرِيقاً تَقْتُلُونَ . وجاء ذكره في الآية 37 من سورة آل عمران : وَكَفَّلَها زَكَرِيَّا كُلَّما دَخَلَ عَلَيْها زَكَرِيَّا الْمِحْرابَ وَجَدَ عِنْدَها رِزْقاً قالَ يا مَرْيَمُ أَنَّى لَكِ هذا . . . . والآية 38 من نفس السورة : هُنالِكَ دَعا زَكَرِيَّا رَبَّهُ قالَ رَبِّ هَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ ذُرِّيَّةً طَيِّبَةً . . . . والآية 85 من سورة الأنعام : وَزَكَرِيَّا وَيَحْيى وَعِيسى وَإِلْياسَ كُلٌّ مِنَ الصَّالِحِينَ . وفي سورة مريم نزلت فيه بعض الآيات ، وهي : الآية 2 : ذِكْرُ رَحْمَتِ رَبِّكَ عَبْدَهُ زَكَرِيَّا . والآية 4 : قالَ رَبِّ إِنِّي وَهَنَ الْعَظْمُ مِنِّي . . . . والآية 5 : وَإِنِّي خِفْتُ الْمَوالِيَ مِنْ وَرائِي . . . . والآية 6 : يَرِثُنِي وَيَرِثُ مِنْ آلِ يَعْقُوبَ . . . . والآية 7 : يا زَكَرِيَّا إِنَّا نُبَشِّرُكَ بِغُلامٍ اسْمُهُ يَحْيى . . . . والآية 8 : قالَ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلامٌ . . . . والآية 10 : قالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً . . . . والآية 11 : فَخَرَجَ عَلى قَوْمِهِ مِنَ الْمِحْرابِ . . . .